سن پترزبورگ قطب اصلی حمل و نقل نیز می باشد . اولین خط آهن روسیه در سال ۱۸۳۷ در سن پترزبورگ احداث گردید، از آن زمان به بعد، سازمان حمل و نقل همگام با توسعه شهری پیشرفت نمود. سن پترزبورگ ، دارای سیسیتم وسیع راه و ترابری و مسیرها و خطوط آهن درون شهری می باشد و سیستم حمل و نقل عمومی کاملی شامل اتوبوس، تراموا و مترو در آن فعالیت می کنند. در این شهر برای انتقال مسافران، خدمات داخل رودخانه ای نیز با عملکردی موثر و نسبتا راحت، موجود می باشد.
سن پترزبورگ به واسطه تعداد بسیاری بزرگراه فدرال، مسیرها و راه آهن های ملی و بین المللی به سایر نقاط روسیه و کشورهای دیگر متصل شده است. فرودگاه بین المللی پولکوف، مسئولیت خدمت رسانی به اکثریت پروازهای ورودی و خروجی شهر را بر عهده دارد و در سال ۲۰۰۸ بیش از هفت میلیون مسافر از این فرودگاه تردد کرده اند.
راه آهن: امروزه این شهر، مقصد نهایی شبکه خط درون شهری و برون شهری آن منطقه است و در آن، برای رفت و آمد میان بخش های فدرال، پنج پایانه راه آهن مختلف و تعداد زیادی ایستگاه راه آهن درون شهری وجود دارد. همچنین از سن پترزبورگ قطارهای به شهرهای هلسینکی – پایتخت فنلاند – و برلین پایتخت آلمان و جمهوری های سابق اتحاد جماهیر شوروی تردد دارد. راه آهن هلسینکی در سال ۱۸۷۰ به طول ۴۴۳ کیلومتر احداث شد و قطار آن روزی چند مرتبه در رفت و آمد است که هر بار حدود ۵ ساعت و نیم به طول می انجامد.
در سال ۱۸۵۱ خط آهن مسکو – سن پترزبورگ به طول ۶۵۱ کیلومتر افتتاح شد و امروزه سفر تا مسکو با آن ۴ ساعت و نیم زمان می برد. در سال ۲۰۰۹ ، راه آهن روسیه قطاری سریع السیر را در مسیر مسکو – سن پترزبورگ راه اندازی نمود. این قطار جدید که ساپسان نام دارد، مشابه قطار معروف زیمنس ولارو ( که مدل های متنوع آن در بسیاری از کشورهای اروپایی فعالیت کرده اند) می باشد. این قطار در تاریخ ۷ می (۱۷ اردیبهشت) ۲۰۰۹ با سرعت متوسط ۲۹۰ کیلومتر عنوان سریع ترین قطار روسیهرا به نام خود ثبت کرد.
امکانات هوایی: سن پترزبورگ دارای فرودگاه بین المللی پولکوف، و نیز سه فرودگاه کوچکتر باری و بازرگانی در حومه شهر می باشد. در سال ۱۹۳۱ فرودگاه کوچک پولکوف در جنوب شهر سن پترزبورگ ، شروع به فعالیت نمود. با توسعه این فرودگاه طی سال های مختلف و از سال ۲۰۰۷ به بعد، چهارمین فرودگاه پر تردد پس از فرودگاهای دومودوف، شری میتوو، و وینوکوف در مسکو شد. این فرودگاه با داشتن دو پایانه اصلی (یک پایانه داخلی و یک پایانه بیت المللی)، یکی از بزرگ ترین و مدرن ترین فرودگاه های روسیه محسوب می شود و در آن به طور منظم اتوبوس و مینی بوس های مختلف برای انتقال مسافران از فرودگاه به مرکز شهر فعالیت می کنند.
امکانات دریایی و رودخانه ای: سن پترزبورگ دارای بنادر مسافربری و باری در دهانه رودخانه نوا در خلیج فنلاند و دریای بالتیک است و نیز بندر گاهی با امکانات بیشتر از نوا و ده ها ایستگاه مسافربری کوچکتر در دو سمت سواحل رودخانه نوا دارد. همچنین سن پترزبورگ مقصد نهایی مسیرهای آبی ولگا – بالتیک می باشد. در سال ۲۰۰۴ پلی طویل به طول ۲۸۳۴ متر به نام پل ابوخوفسکی در سن پترزبورگ افتتاح شد. از ماه می الی اکتبر (اردیبهشت تا مهر)، قایق های موتوری مختلفی از جمله قایق های پر سرعت هیدروفویلد ، کار جابجایی مردم از مرکز شهر را به شهر های ساحلی چون کرونشتاد، لومونوسف، پیترگوف، سسترورسک و زلنوگروسک انجام می دهند.
حمل و نقل زمینی شهری و بین شهری: سن پترزبورگ دارای شبکه وسیع حمل و نقل عمومی ( اتوبوس، تراموا، و واگن برقی) و شبکه تاکسی رانی مارشاتکاس است که در چند صد مسیر خدمت می کنند. تراموا همواره اصلی ترین وسیله حمل و نقل عمومی سن پترزبورگ بوده است. در سال ۱۹۸۰ ، لنینگراد ( سن پترزبورگ ) بزرگ ترین شبکه تراموا در دنیا را داشت اما بسیاری از این خطوط تا سال ۲۰۰۰ از رده خارج شدند. اتوبوس ها، روزانه بیش از ۳ میلیون مسافر را در بسیاری از مسیرهای شهری و برون شهری جابه جا می کنند. در سال ۱۹۵۵ شبکه زیر زمینی سن پترزبورگ ، افتتاح شد و امروزه ۵ خط و ۶۴ ایستگاه دارد که هر ۵ پایانه نیز با یکدیگر مرتبط اند.
به علت حجم سنگین خودرو در مسیرهای اداری و مرکز شهر و در هنگام برف شدید در زمستان، ترافیک در شهر امری عادی است. بین سال های ۲۰۰۲ تا ۲۰۱۰، در سن پترزبورگ ۶ حلقه راه کمربندی بهره برداری شد.شهر سن پترزبورگ در مسیری که کشورهای اسکاندیناوی شامل کشورهای نروژ، سوئد، دانمارک، فنلاند، جزایر ایسلند و فارو را به روسیه و اروپای شمالی متصل می سازد قرار گرفته است.